A principios de 2009 el Museo comenzó a editar una serie de monográficos sobre comercios salmantinos y eventos destacados referentes a la economía salmantina. La colección, bajo el título genérico de Cuadernos de Historia del Comercio y la Industria de Salamanca, alcanza a finales de 2011 los nueve números:

El primero de ellos estuvo dedicado a la librería de Calón fundada en la segunda mitad del siglo XIX. El segundo a La Mallorquina, pastelería regentada por don Santiago Bermejo Pollo. El tercero a la Exposición Regional de 1907, en la que los comerciantes e industriales salmantinos intentaron emular el espíritu empresarial de las grandes urbes. El cuarto a los Almacenes Ara, fundados por el peñarandino García  Santana. El quinto a la joyería Santiago, situada en la Plaza Mayor desde 1929. El sexto a  los conocidos ultramarinos de la familia Oria. El séptimo y octavo a los reputados carroceros Maldonado y Bomati y a la Librería e Imprenta de Núñez, tan decisiva en la ciudad durante más de cien años. El último publicado hasta la fecha ha tenido como protagonista a Las casas Centenera y en él se narra la historia de La Popular, La Casa Verde y los últimos negocios de la familia Gordo Centenera.

Los cuadernos de Historia del Comercio se venden al precio simbólico de 1 € en las dependencias del Museo, en los locales de la Sociedad de Turismo, en la Plaza Mayor, y en algunas librerías céntricas de la ciudad.